Una piena consapevolezza delle questioni legate all'ambiente è sempre stata in SIMS una priorità fino dagli anni '70.

Nel 1974 uno dei primi sistemi per il trattamento delle acque reflue mai operanti nell'industria chimica farmaceutica fu inaugurato a seguito del trasferimento nel nuovo stabilimento di Reggello.

Nel 1996 fu costruito un termo distruttore dell'ultima generazione per il trattamento termico dei reflui liquidi e gassosi.

Oggi i principali sistemi di abbattimento in essere sono:

Impianto di termodistruzione per liquidi e gas:
L'impianto di termodistruzione è un impianto combinato per il trattamento termico dei reflui liquidi e gassosi e per la produzione di vapore mediante una caldaia a recupero che sfrutta l'energia dei gas di combustione.
A valle del trattamento termico, i fumi sono trattati in un impianto di abbattimento a secco per la rimozione del particolato.

Impianto di depurazione per il trattamento di acque reflue:
Il processo di depurazione delle acque reflue industriali è costituito da trattamenti è preliminari chimico-fisici (omogeneizzazione, neutralizzazione, coagulazione, flocculazione) e da trattamenti biologici e aerobici.
La tecnologia di abbattimento principale consta di una vasca di ossidazione a fanghi attivi e da una batteria di ultrafiltrazione per la separazione del fango permeato.
L'effluente subisce in questo impianto una degradazione organica del 90%.

Impinato criogenico:
L'impianto criogenico ad azoto liquido tratta i solventi clorurati che non possono essere trattati termicamente.
L'azoto gassificato viene riutilizzato come gas di inertizzazione.